阳光明媚的一天，东都体育场正进行一场东京Spirit和大阪钢巴的精彩足球比赛，江户川柯南（高山南 配音）、灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士以及少年侦探团的伙伴们齐齐到场呐喊助威。城市的另一边，事务所内的毛利小五郎（小山力也 配音）却接到一通恐怖袭击的电话。经过一番努力，小兰（山崎和佳奈 配音）终于摆脱新一解开了犯人留下的暗语，成功拯救了无数人的生命。在此之后，警方和毛利一方锁定了数名嫌疑人，并随之展开调查。与此同时，躲在暗处的犯人继续策划新一轮的袭击，前所未有的大挑战，争分夺秒的对决，裹挟着无数怨恨的袭击强势袭来……                                                                      　　本片为日本J联赛创立20周年纪念作品，现役选手三浦知良、远藤保仁、今野泰幸、楢崎正刚、中村宪刚等人为片中本人的形象配音。

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相……                                                                      　　本片为EVA新剧场版四部曲的第三部。

高羽秋仁（柿原彻也 配音）是一名记者，心怀高远理想的他带着心爱的相机每日走街串巷，寻找着可以拍摄的新闻题材。麻见隆一（黒田崇矢 配音）身份成谜，拥有强大手腕的他经营着数家高级俱乐部，并且和黑道有着说不清道不明的关系。这两个身份迥异的男人，被一张照片联系到了一起。                                                                      　　原来， 秋仁拍摄到了一些对麻见不利的照片，让麻见十分恼火，但秋仁的桀骜不驯和活力亦引起了麻见的兴趣。终于，秋仁落到了麻见的手中，麻见对秋仁进行了凌辱，后者却在痛苦中察觉了欲望的快感。一个拥有至高的权利和强大的控制欲，一个像未驯化的野兽拒绝束缚和占有，在你追我赶之间，探索者的目标早已锁定，一段孽缘就此展开。